Nově vyvinutá technologie SpDamID

[Franta]

Výzkumníci vyvinuli novou technologii která přesně označí kde se skupina regulačních bílkovin, které se nazývají transkripční faktory váže na DNA v jádrech živých buněk.

...

K pochopení chybných procesů v nemoci potřebují výzkumníci vysledovat kde a jak se transkripční faktory váží na DNA pro identifikaci rozdílů mezi zdravými a nemocnými buňkami. Dáno velikostí lidského genomu - vše se odehrává uvnitř mikrosvěta v každé buňce - proto mohou být součastné metody ke sledování vázání bílkovina-DNA únavné, zdlouhavé a ne vždy přesvědčivé.
....
Jedna součastná běžně používaná metoda se nazývá "chromatin immunoprecipitation" kombinovaná s genovým sekvencováním nové generace (ChIP-seq). Omezení ChIP-seq je, že nemůže přinést přesvědčivý obraz transkripčního faktoru vazajícího se v jedné buňce, protože se vzorkují události v populaci(souboru) poté co buňky byly vystaveny různým toxickým chemikáliím. Jakékoliv zavéry týkající se pozice transkripčního faktoru na jedné šroubovici DNA jsou založeny na dedukci.

Nově vyvinutá technologie SpDamID je přesná, rychlá a účinná metoda pro dělání těchto srovnání. SpDamID je také jedinečně schopná metoda k identifikaci DNA spojení více než jedné bílkoviny, což je často zásadní krok v genové regulaci.

SpDamID označí DNA v živých buňkách a jen pokud se váží dvě označené bílkoviny v blízkosti na stejné šroubovici DNA, říkají autoři. Dam je akronym enzymu zvaného DNA adenine methyltransferase.

Metoda vyvinutá Hassem a Kopanem používá rozdělení Dam na poloviny k vytvoření neaktivních polovin funkční bílkoviny. Výzkumníci pak připojí tyto neaktivní poloviny DAM na bílkoviny které podezřívají z toho že se váží blízko sebe (asi myslí na DNA) a nebo které se váží spolu proto aby se pak navázaly na DNA. To umožní aby se enzym Dam stal znovu aktivní a označil místa v chromozomech na které tyto dvě bílkoviny vzájemně působí (váží se tam).

.....

http://www.medicalnewstoday.com/releases/297892.php