Starobylá a nedávná adaptivní evoluce antivir. genu TRIM22

[Franta]

Starobylá a nedávná adaptivní evoluce antivirového genu TRIM22:
Identifikace jednonukleotidového plolymorfismu který ovlivňuje funkci TRIM22

Tripartite motif protein 22 (TRIM22) je nově známá interferony navozená bílkovina, který účinně zabraňuje replikacím vývojově odlišných virů včetně HIV-1. Pozměněná exprese TRIM22 je také spojována s nemocemi jako je roztroušená skleróza, rakovina a autoimunita. Faktory které mají vliv na expresi TRIM22 a antivirovou aktivitu jsou z větší části neznámé.
V této studii jsme přijali evolučně zaměřený funkční přístup k identifikaci možných genetických determinantů funkce TRIM22. Evoluční analýzy TRIM22 ze savců v rozpětí > 100 milionů let ukázaly že evoluce TRIM22 byla utvářena dávným a proměnným pozitivním výběrem. Ukázali jsme, že pozitivní výběr se týká několika TRIM22 pozůstatků které jsou ve shluku v předpokládaných funkčních regionech a že u některých se předpokládá že jsou funkčně poškozené. Zajímavé je, že druhý nejčastější TRIM22 SNP u člověka (rs1063303) se nachází na jednom z těchto pozitivně vybraných místech. Ukázali jsme, že četnost výskytu rs1063303:G>C se liší až 10x mezi etniky a že u některých etnik je v populaci SNP rs1063303:G>C aktivně udržován. SNP varianta rs1063303:G>C také měla inverzní dopad na funkčnost, kde zvyšovala expresi TRIM22 a snižovala virovou aktivitu TRIM22. Dohromady tato data popisují extenzivní genetické variace v TRIM22 a identifikují rs1063303:G>C jako SNP s vysokým výskytem, který ovlivňuje jeho funkci.

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... 5/abstract

Pojmy:
SNP - jednonukleotidový plolymorfismus - jsou odchylky individuálních nukleotidů v sekvenci DNA. Mutace takových míst probíhají velmi pomalu. Tím jsou předurčeny k mapování historie člověka a sestavení jeho genetického stromu. Označení SNP markeru sestává z písmena a čísla. Písmeno představuje laboratoř nebo výzkumný tým, který daný marker objevil. Číslo je pak pořadí objevu v rámci příslušného týmu. (wikipedie)