Sekvencování exomu v jedné buňce mozkomíšního moku

[Franta]

Studie genomu GWAS identifikovala přes 100 germline variant, které ovlivňují náchylnost k roztroušené skleróze, většina z nich je mapována uvnitř nebo blízko genů s imunologickou funkcí. Nicméně role somatických mutací u roztroušené sklerózy nikdy nebyla prozkoumána.

Cílem této studie bylo prozkoumat roli těchto somatických mutací, které mohou být zapojeny do vývoje roztroušené sklerózy.

Metody: Sekvencovali jsme exom v součtu u 21 jedinečných CD4+ lymfocytů izolovaných z mozkomíšního moku dvou pacientů. A navíc jsme sekvencovali DNA u těchto pacientů DNA z periferní krve pro germline referenci.

Výsledky:
Při porovnávání jednotlivých gemline sekvencí, se každá buňka lišila v přibližně 1784 pozicích, ale předjímané následující analýzy potvrdily, že většina, jestliže ne všechny, z těchto možných mutací pravděpodobně reprezentují artefakty generované během rozšiřování jednoho genomu a/nebo sekvencováním.
Bylo predikováno, že 56 z těchto možných mutací má pravděpodobně funkční účinky na geny, které byly již dříve implikovány studií GWAS, včetně tří z genu CD6.

Závěr: Bude potřeba robustnější metody aplikované na větší množství buněk, proto aby se definovala role somatických buněk.


http://msj.sagepub.com/content/early/20 ... 3.abstract

pojmy:
germline (germ řada) - germline dospívajících nebo vyvíjejících se jedinců je řada (sekvence) germ buněk, které mají genetický materiál, který může být předán na potomka.
Namříklad gamety, tak jako sperma nebo vajíčka jsou části germline
Buňky které nejsou v germline (germ řadě) tak se nazývají sómatické buňky. Mutace nebo jiné genetické změny v germline mohou být potenciálně předané potomkům, zatímco změny v somatických buňkách ne.
Germline buňky jsou nesmrtelné. Ve smyslu že jsou trvale reprodukovány od počátku života. To je především díky aktivitě enzymu zvaného jako telomeráza. Naopak somatické buňky se mohou dělit přibližně 30-50 krát. Určité somatické buňky, známé jako kmenové buňky, také exprimují telomerázu a jsou možná nesmrtelné. http://en.wikipedia.org/wiki/Germline

Exome - Exom je část genomu tvořená exony, neboli sekvencemi které vytvářejí mRNA po vystřižení intronů. Od transkriptomů se líší tím, že obsahují všechnu DNA, která je přepsána do mRNA v buňkách jakéhokoliv typu. Exom lidského genomu je tvořen asi 180 000 exony, což je asi 1% celkového genomu [1]. I když exom tvoří velice malou část celkového genomu, mutace v něm jsou dle současných odhadů zodpovědné až za 85 % nemocí podmíněných mutacemi http://cs.wikipedia.org/wiki/Exom

Exon je část sekvence nukleové kyseliny (DNA či RNA), podle níž se obvykle tvoří v procesu translace bílkovina. Spolu s introny tvoří gen. V procesu splicingu se totiž introny z pre-mRNA vystříhají, čímž vzniká mRNA, podle níž je nakonec tvořen protein. http://cs.wikipedia.org/wiki/Exom

Intron je oblast pre-mRNA, která se nepřekládá do proteinu, ale vystřihuje se během tvorby mRNA mechanismem zvaným splicing. Spolu s exony tvoří základ genu. http://cs.wikipedia.org/wiki/Intron

Sekvencování exomu - http://en.wikipedia.org/wiki/Exome_sequencing