Aplikace kvantitativní metagenomiky objasňuje střevní mikrob
Napsal: 20 říj 2013 20:30Aplikace kvantitativní metagenomiky objasňuje střevní mikrobiom dospělých.
Rychlý pokrok v zakládání katalogů střevních mikrobiálních genomů a genů otevevírá možnosti jak prozkoumat jak náš jiný genom - kolektivní genom trilionů mikrobů žijící v symbióze a osídlujících náš trávicí trakt, střevní mikrobiom - ovlivŇuje biologické procesy hostitele, včetně vývoje a údržby imunitního systému a metabolických funkcí. Nedavno jsme byly zapojeni do sedmého EC rámcově-sponzorovaného konzorcia, Metagenomiky lidského trávicího traktu s cílem definovat skladbu střevního mikrobiomu a funkčního potenciálu na vzorcích populace dospělých lidí. Mapováním velkého množství sekvenčního čtení z DNA stolice do referenčního katalogu (kvantitativní metagenomika) na populaci 123 neobézních a 169 obézních osob z Dánska jsme objevili dvě skupiny jedinců, kteří se liší počtem genů mikrobů a tak střevní bakteriální bohatostí. Poskytli nám známé a dříve neznámé bakteriální druhy v různých proporcích; jedinci s nízkou bakteriální bohatostí (23% populace) jsou charakterizovány více nápadnou tlošťkou, insulínovou rezistancí a dislipidémií a jsou výrazně zánětlivého fenotypu v porovnání s jedinci s vysokou bakteriální bohatostí. Obézní lidé mezi dříve jmenovanými také přibírají v čase rychleji na váze. Mikrobiom lidí s redukovanou bakteriální bohatostí se vyznačuje redukcí butyrát produkujících bakterí, zvýšeným potenciálem degradace hlenu, sníženým potenciálem produkce vodíku a metanu kombinovaným se zvýšeným potenciálem formací H2S a se zvýšeným potenciálem zvládat oxidativní stres. Pouze několik málo bakteriálních druhů je dostatečných k rozlišení mezi jedinci s vysokou nebo nízkou bakteriální bohatostí, a dokonce mezi hubenými a tlustými. Naše klasifikce založená na variacích ve střevním mikrobiomu identifikuje podmnožiny jedinců na obecné popuplaci bílých dospělých, kteří jsou ve zvýšeném riziku směrujícím k s tloušťkou spojeným chorobám.
Rychlý pokrok v zakládání katalogů střevních mikrobiálních genomů a genů otevevírá možnosti jak prozkoumat jak náš jiný genom - kolektivní genom trilionů mikrobů žijící v symbióze a osídlujících náš trávicí trakt, střevní mikrobiom - ovlivŇuje biologické procesy hostitele, včetně vývoje a údržby imunitního systému a metabolických funkcí. Nedavno jsme byly zapojeni do sedmého EC rámcově-sponzorovaného konzorcia, Metagenomiky lidského trávicího traktu s cílem definovat skladbu střevního mikrobiomu a funkčního potenciálu na vzorcích populace dospělých lidí. Mapováním velkého množství sekvenčního čtení z DNA stolice do referenčního katalogu (kvantitativní metagenomika) na populaci 123 neobézních a 169 obézních osob z Dánska jsme objevili dvě skupiny jedinců, kteří se liší počtem genů mikrobů a tak střevní bakteriální bohatostí. Poskytli nám známé a dříve neznámé bakteriální druhy v různých proporcích; jedinci s nízkou bakteriální bohatostí (23% populace) jsou charakterizovány více nápadnou tlošťkou, insulínovou rezistancí a dislipidémií a jsou výrazně zánětlivého fenotypu v porovnání s jedinci s vysokou bakteriální bohatostí. Obézní lidé mezi dříve jmenovanými také přibírají v čase rychleji na váze. Mikrobiom lidí s redukovanou bakteriální bohatostí se vyznačuje redukcí butyrát produkujících bakterí, zvýšeným potenciálem degradace hlenu, sníženým potenciálem produkce vodíku a metanu kombinovaným se zvýšeným potenciálem formací H2S a se zvýšeným potenciálem zvládat oxidativní stres. Pouze několik málo bakteriálních druhů je dostatečných k rozlišení mezi jedinci s vysokou nebo nízkou bakteriální bohatostí, a dokonce mezi hubenými a tlustými. Naše klasifikce založená na variacích ve střevním mikrobiomu identifikuje podmnožiny jedinců na obecné popuplaci bílých dospělých, kteří jsou ve zvýšeném riziku směrujícím k s tloušťkou spojeným chorobám.