Superpočítačové centrum IT4Innovations Ostrava-Poruba

[damanhur]

Výpočet schopnosti fosfopeptidů vázat se na proteiny skupiny 14-3-3
Výzva: 2. kolo Veřejné grantové soutěže
Hlavní řešitel: Jozef Hritz Alokace: 700.000 core hours.
Proteiny skupiny 14-3-3 jsou součástí každé eukaryotické buňky. Hrají důležitou roli v buněčném cyklu při regulaci, řízeném odumírání buněk a při genové expresi. Tyto proteiny jsou ale rovněž spojovány s onkogenními a neurodegenerativními chorobami.
Cílem tohoto výzkumu je za pomocí superpočítače vypočítat vazebnou afinitu těchto proteinů s vybranými fosfopeptidy. Příprava dostatečného množství fosforylovaných peptidů pro laboratorní testy je téměř nemožná. Po ověření vypočtených dat bude možné stejnou metodu použít pro téměř všech 850 známých vazebných partnerů. Výsledky mají své použití v neurobiochemii při výzkumu neurodegenerativních onemocnění.

http://www.it4i.cz/co-pocitame/

Ve 2. kole Veřejné grantové soutěže IT4Innovations bylo celkem rozděleno 2.382.000 core hours.

Technické parametry superpočítače Salomon:
1 008 výpočetních uzlů a 129 TB operační paměti RAM. Obsahuje 864 Intel(r) Xeon Phi (tm) 7120 koprocesorových karet s 52 704 jádry a 13,8 TB paměti RAM.