Starobylá a nedávná adaptivní evoluce antivir. genu TRIM22
Napsal: 26 čer 2014 09:12Starobylá a nedávná adaptivní evoluce antivirového genu TRIM22:
Identifikace jednonukleotidového plolymorfismu který ovlivňuje funkci TRIM22
Tripartite motif protein 22 (TRIM22) je nově známá interferony navozená bílkovina, který účinně zabraňuje replikacím vývojově odlišných virů včetně HIV-1. Pozměněná exprese TRIM22 je také spojována s nemocemi jako je roztroušená skleróza, rakovina a autoimunita. Faktory které mají vliv na expresi TRIM22 a antivirovou aktivitu jsou z větší části neznámé.
V této studii jsme přijali evolučně zaměřený funkční přístup k identifikaci možných genetických determinantů funkce TRIM22. Evoluční analýzy TRIM22 ze savců v rozpětí > 100 milionů let ukázaly že evoluce TRIM22 byla utvářena dávným a proměnným pozitivním výběrem. Ukázali jsme, že pozitivní výběr se týká několika TRIM22 pozůstatků které jsou ve shluku v předpokládaných funkčních regionech a že u některých se předpokládá že jsou funkčně poškozené. Zajímavé je, že druhý nejčastější TRIM22 SNP u člověka (rs1063303) se nachází na jednom z těchto pozitivně vybraných místech. Ukázali jsme, že četnost výskytu rs1063303:G>C se liší až 10x mezi etniky a že u některých etnik je v populaci SNP rs1063303:G>C aktivně udržován. SNP varianta rs1063303:G>C také měla inverzní dopad na funkčnost, kde zvyšovala expresi TRIM22 a snižovala virovou aktivitu TRIM22. Dohromady tato data popisují extenzivní genetické variace v TRIM22 a identifikují rs1063303:G>C jako SNP s vysokým výskytem, který ovlivňuje jeho funkci.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... 5/abstract
Pojmy:
SNP - jednonukleotidový plolymorfismus - jsou odchylky individuálních nukleotidů v sekvenci DNA. Mutace takových míst probíhají velmi pomalu. Tím jsou předurčeny k mapování historie člověka a sestavení jeho genetického stromu. Označení SNP markeru sestává z písmena a čísla. Písmeno představuje laboratoř nebo výzkumný tým, který daný marker objevil. Číslo je pak pořadí objevu v rámci příslušného týmu. (wikipedie)
Identifikace jednonukleotidového plolymorfismu který ovlivňuje funkci TRIM22
Tripartite motif protein 22 (TRIM22) je nově známá interferony navozená bílkovina, který účinně zabraňuje replikacím vývojově odlišných virů včetně HIV-1. Pozměněná exprese TRIM22 je také spojována s nemocemi jako je roztroušená skleróza, rakovina a autoimunita. Faktory které mají vliv na expresi TRIM22 a antivirovou aktivitu jsou z větší části neznámé.
V této studii jsme přijali evolučně zaměřený funkční přístup k identifikaci možných genetických determinantů funkce TRIM22. Evoluční analýzy TRIM22 ze savců v rozpětí > 100 milionů let ukázaly že evoluce TRIM22 byla utvářena dávným a proměnným pozitivním výběrem. Ukázali jsme, že pozitivní výběr se týká několika TRIM22 pozůstatků které jsou ve shluku v předpokládaných funkčních regionech a že u některých se předpokládá že jsou funkčně poškozené. Zajímavé je, že druhý nejčastější TRIM22 SNP u člověka (rs1063303) se nachází na jednom z těchto pozitivně vybraných místech. Ukázali jsme, že četnost výskytu rs1063303:G>C se liší až 10x mezi etniky a že u některých etnik je v populaci SNP rs1063303:G>C aktivně udržován. SNP varianta rs1063303:G>C také měla inverzní dopad na funkčnost, kde zvyšovala expresi TRIM22 a snižovala virovou aktivitu TRIM22. Dohromady tato data popisují extenzivní genetické variace v TRIM22 a identifikují rs1063303:G>C jako SNP s vysokým výskytem, který ovlivňuje jeho funkci.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... 5/abstract
Pojmy:
SNP - jednonukleotidový plolymorfismus - jsou odchylky individuálních nukleotidů v sekvenci DNA. Mutace takových míst probíhají velmi pomalu. Tím jsou předurčeny k mapování historie člověka a sestavení jeho genetického stromu. Označení SNP markeru sestává z písmena a čísla. Písmeno představuje laboratoř nebo výzkumný tým, který daný marker objevil. Číslo je pak pořadí objevu v rámci příslušného týmu. (wikipedie)